Tento starý a ctěný velmistr řádu Jedi strávil svá poslední léta ukrytý na bažinaté planetě Dagobah a ta, ač se to může zdát neuvěřitelné, dala galaxii zapomenout na jeho velké činy, odehrávající se v horizontu devíti set let. V závěrečných letech Staré republiky byl Yoda váženým starším členem vrchní rady Jedi na Coruscantu. Společně s ostatními jedenácti mistry - z nichž někteří, jako například Mace Windu či Ki-Adi-Mundi, byli proslulí téměř jako on sám – byl Yoda přítomen smršti událostí, které nakonec vyvrátily tisíciletí starou Galaktickou republiku a zpečetily osud řádu Jedi. Po více než půl tisíciletí byl vedoucí osobností i symbolem řádu Jedi a jeho moudrost byla pověstná. Ze všech Jedi, které v průběhu 800 let vycvičil, nebo instruoval, byli paradoxně v galaktické historii nejdůležitější (a možná i nejzbrklejší) poslední dva: Obi-Wan Kenobi a Luke Skywalker. Jelikož cvičil zakladatele nového řádu Jedi, postavou drobný Yoda se tak stal spojovacím článkem obou řádů a zajistil tak přežití jediského plamene i pro další generace.

Tento příslušník neznámého druhu se narodil 896 let před bitvou u Yavinu na neznámé a velmi vzdálené planetě. Mladý Yoda původně nevěděl o své citlivosti k Síle a proto když dospěl, vypravil se spolu se svým lidským přítelem (který také nevěděl o své citlivosti k Síle) na světy Jádra, aby našli zaměstnání. Během cesty starou zrezivělou lodí však málem přišli o život při srážce s asteroidem a posléze havarovali na neznámém bažinatém světě. Po několika dnech narazili na hysalrianského mistra Jedi N'Katu Del Gorma, který oběma přátelům odhalil jejich jediský potenciál a začal s jejich výcvikem. Nedlouho po dokončení výcviku je zachránila republiková loď. Yoda se pak naplno zapojil do činnosti řádu Jedi a okolo svých stých narozenin se stal mistrem Jedi. Do těchto dob také spadá počátek Yodovy praxe v učení Jedi. (Jedním z jeho prvních žáků byl malý Kushiban, jménem Ikrit jenž mnohem později učil mladého Anakina Sola.)

Když bylo Yodovi okolo 550 let, vydal se společně s mistry Gra'atonem a Vulatanem na záchrannou výpravu, jež se snažila zachránit posádku a cestující obrovské jediské výcvikové lodi Chu'unthor, která ztroskotala na Dathomiru. V tomto pokusu jim bránily čarodějky z Dathomiru, vyznávající temnou stranu Síly. Nakonec, po záchraně jedné z čarodějek – Rell – se mistrům podařilo odvézt Jedi, ale Chu'unthor - vlajkovou loď nyní upadající skupiny Jedi ExplorCorps – a jeho knihovnu čarodějky odvézt nedovolili. (O 350 let později byla loď objevena Lukem Skywalkerem, který použil vědomosti z knihovny při znovubudování řádu Jedi.)

Ačkoli je tedy o Yodových mladých létech známo jen velice málo, to, že byl pro řád Jedi velice důležitý, je podloženo velice dobře. Okolo svého šestistého roku přijal místo ve vrchní radě Jedi a o něco později se stal jejím starším členem a posléze velmistrem řádu Jedi. Když se mladí zasvěcenci Jedi vydávali prvními krůčky do světa Jedi, činili tak pod Yodovým vedením. Mnoho z největších Jedi v historii Republiky poznalo Yodovo učení ještě jako malé děti, vstřebávajíc vědomosti a dovednosti ve skupinkách, nazývaných klany (známý je např. Medvědí klan). Poté, co novicové dosáhli věku kolem deseti let, byli přidělováni staršímu rytíři nebo mistru Jedi k individuálnímu výcviku.

Během soumračných let Staré republiky v mistru Yodovi vzrůstaly obavy, neboť Republika se nořila do stínu, vyvolaného temnou stranou Síly. Toto záhadné vzepětí temné strany vytvářelo poruchu v Síle natolik mocnou, že zatemňovala jediskou schopnost vhledu do závažných záležitostí. Yoda patřil k těm, kteří věřili, že posun k temnotě ohlašuje brzký příchod „vyvoleného“ – toho, kdo navrátí Síle ztracenou rovnováhu.

Přes tyto nejistoty však nepolevoval ve výcviku a instruktáži mladých Jedi. K jeho nejznámějším padawanům patřil cereanský Jedi Ki-Adi-Mundi a mocný a přísný Qu Rahn (později cvičil novorepublikového agenta Kylea Katarna). K Jedi, které instruoval (ale nebyl jejich mistrem) patřil například thisspiasanský geniální stratég Oppo Rancisis, velice mocný a individualistický Dooku (později hrabě), pozdější starší člen vrchní rady Jedi Mace Windu, pozdější ganathanský král Empatojayos Brand (kterého později zmrzačil Darth Vader a který se ještě později podílel na porážce vzkříšeného císaře Palpatina), šermířský instruktor Cin Drallig i již zmiňovaný Obi-Wan Kenobi.

Přestože se velmistr Yoda vzhledem ke svému věku téměř nevydával na výpravy a tažení, ocitl se několikrát ve smrtelném nebezpečí přímo ve zdech chrámu Jedi. Jednou málem podlehl bombovému atentátu v Komnatě tisíce fontán, jenž zosnoval bývalý padawan Qui-Gona Jinna, Xanatos. Jindy, během yinchorriského útoku na chrám nedlouho před bitvou o Naboo, navzdory svému pacifismu tasil svůj světelný meč a dokázal, že je jedním z nejlepších žijících bojovníků řádu Jedi.

Brzy nato se zdálo, že temné události konečně dospěly svého zenitu, neboť mistr Qui-Gon Jinn nahlásil útok záhadného bojovníka, kterým mohl být příslušník tisíciletí vymřelého řádu Sith. Na rozdíl od svých kolegů v Radě však ihned tuto možnost vzal v úvahu, soudě, že takto by se dal vysvětlit posun Síly k temnotě. Skeptičtějším byl Yoda v případu Anakina Skywalkera, mladého otroka z Tatooine, kterého umanutý mistr Jinn přivedl před Radu a prosadil přezkoumání jeho jediského potenciálu. Ač měl chlapec velmi značný potenciál a dosud nejvyšší množství midi-chlorianu v těle, Yoda se velmi obával chlapcova strachu o svou matku a jeho celkové nevyrovnanosti, dané vysokým věkem devíti let a nepovolil chlapcův výcvik. Mínil, že tento „kandidát“ na vyvoleného má příliš blízko k temné straně Síly.

Po smrti mistra Jinna se rada Jedi rozhodla splnit jeho poslední přání a povolila Qui-Gonovu padawanovi Obi-Wanovi Kenobimu, aby si po povýšení na rytíře Jedi vzal Anakina za svého učedníka. Učinila tak i přes Yodův nesouhlas a Yoda v tom spatřoval velikou neuváženost a potenciální nebezpečí. Obi-Wan sice mohl být zralý na titul rytíře Jedi, ale zcela určitě ne na výcvik učedníka, jakým byl mladý Skywalker. Výcvik takovéhoto padawana (pokud tedy vůbec měl být cvičen) měl být podle Yody svěřen raději některému zkušenému mistru Jedi. Přesto mu však v hlavě vyvstávala spíše jiná, stále se opakující otázka: Byl sithský pán, který zabil Qui-Gona a kterého jen tak tak porazil Obi-Wan, mistrem nebo učedníkem ze sithské dvojice?

Události, které provázely bitvu o Naboo také znamenaly zvolení nového nejvyššího kancléře. Stal se jím nabooský senátor Palpatine. Už od prvních let jeho kancléřství bylo jasné, že Galaktickou republiku čekají velké změny. Palpatine ve svých rukou třímal stále větší moc a třebaže prohlašoval, že jedná pouze v zájmu Republiky, jeho skutečné záměry byly nejasné. Mistr Yoda však oceňoval, že kancléř důležité záležitosti alespoň konzultoval s radou Jedi.

Po dalším desetiletí, které znamenalo obrovský nárůst nejistoty, co se budoucnosti týče, Yoda pocítil nutnost odpovědí na otázky. Rada Jedi vyslala rytíře Jedi Obi-Wana Kenobiho, aby vyšetřil pokus o atentát na senátorku Amidalu z Naboo, očividně zosnovaný separatistickým hnutím, jež v minulých letech povstalo proti Republice. Pomocí atentátníkovy zbraně byla určena planeta jeho možného původu: Kamino, svět, známý svým klonováním. Veškeré zmínky o Kaminu však byly záhadně vymazány z archivů Jedi, což bylo znepokojivé, neboť pouze Jedi by něco takového zmohl. Co však Kenobi na Kaminu objevil, bylo mnohem znepokojivější.

Na objednávku jistého mistra Sifo-Dyase byla na vzdáleném Kaminu pro Republiku tajně vytvořena armáda klonů. Nikdo z Rady o tom neměl tušení, ani to nikdo nedokázal předvídat. Pozdější Obi-Wanovo vyšetřování na vyprahlé Geonosis ukázalo, že se separatisté připravují na válku. Bývalý Yodův učedník, hrabě Dooku utvářel vojenskou sílu Konfederace nezávislých systémů spojováním armád bitevních droidů mnoha obchodních korporací. Bylo potřeba jednat.

Nejvyšší kancléř Palpatine obdržel od Senátu výjimečné pravomoci a do boje povolal jak armádu klonů, tak Jedi. Velmistr Yoda se poté vydal na Kamino a převzal ve jménu Galaktické republiky klony, které se pak staly základem nově vytvořené Velké armády Republiky. Na Geonosis se pak dostali právě včas, aby zachránili trosky jediské útočné jednotky před neblahým osudem.

Klonové války začaly právě tady, na Geonosis, kde se proti sobě postavili republikové klony a separatističtí droidi. Mistr Yoda, coby generál, udílel rozkazy z předsunutého velitelského stanoviště. Pod jeho velením, podpořeného jediskou bitevní meditací, se klonům podařilo zvítězit nad droidy, ale příliš mnoho jich uniklo, aby čelili Republice jindy a jinde. Jediská předtucha a instinkt Yodu poté zavedly do ztemnělého geonosiského hangáru, kde hrabě Dooku ošklivě poranil Obi-Wana Kenobiho a jeho padawana Anakina Skywalkera, snažící se ho zajmout.

Yoda a Dooku se utkali v souboji. Nejdříve změřili své schopnosti v Síle a Dooku se drobného velmistra Jedi snažil rozdrtit obrovskými kusy skály a kovu. Yoda však útokům úspěšně vzdoroval a odrazil dokonce i Dookuovy blesky temné strany, které víc, než co jiného, dokazovaly temnou stranu v Yodově bývalém žákovi. Posléze došlo na souboj světelnými meči, ve kterém oba prokazovali své mistrovství a Yoda, čerpající energii ze Síly metal salta a odrážel útoky hraběte. Právě začínal mít navrch, když se Dooku rozhodl uprchnout. Využívaje toho, že se Yoda snažil zachránit Obi-Wana a Anakina před rozdrcením hrabětem na ně svrženou obrovskou konstrukcí, se Dookuovi podařilo ve své solární plachetnici utéct z Geonosis.

Přestože první bitva klonových válek dopadla pro Republiku úspěšně, Yoda a Mace Windu si dělali velké starosti o řád Jedi. Vše bylo nyní jakoby zahaleno v temnotě a samotní Jedi záhadně pozbyli svou schopnost vhledu do událostí a někteří dokonce dovolovali samolibosti a aroganci, aby nad nimi převzaly vládu. Na otázku, co mohlo tento celkový úpadek způsobovat, se sice nabízela odpověď, ale Yoda odmítal připustit, že by i sebemocnější Temný pán ze Sithu mohl něco takového dokázat.

Horší než ztráta mnoha jediských životů na Geonosis byl pro Yodu fakt, že pro něj nedávno vyvstaly otázky, týkající se samotné podstaty života a smrti v Síle. Během meditace v chrámu pocítil v Síle trauma a bolest, kterou prožíval mladý Anakin Skywalker. Právě v té chvíli také uslyšel hlas Qui-Gona Jinna, desetiletí mrtvého mistra Jedi. Co Yoda slyšel, bylo pro Jedi nemožné si po sjednocení se Silou zachovat osobnost. Tyto otázky byly závažné i za normálních okolností, bez doutnajícího galaktického konfliktu. V následujících velmi hektických letech se moudrý mistr snažil přijít záhadě na kloub a snažil se s Qui-Gonovou osobností navázat kontakt.

Jako většina Jedi se i Yoda stal generálem ve Velké armádě Republiky, vedoucí i přes svůj vysoký věk oddíly klonovaných vojáků do bitev proti Konfederaci nezávislých systémů. Často tak činil na hřbetě svého věrného kybucka, jenž mu sloužil jako oř. Ne všichni Jedi se však podřídili svým novým povinnostem a odmítaje politiku, stojící za klonovými válkami, na protest opustili Řád (nejznámějším vůdcem těchto odpadlíků byl weequayský mistr Sora Bulq). Yoda byl těmito událostmi velice znepokojen a mínil, že tyto vnitřní rozbroje budí zdání slabosti Jedi jak pro republikovou veřejnost, tak pro nepřítele.

Na počátku války se na Axionu postavil docela sám separatistickému rychlopalnému droidovi a později z tajného jediského chrámu na ledovém Ilumu, zničeného Dookuovými chameleóními droidy, s pomocí senátorky Padmé Amidaly zachránil mistryni Luminaru Unduli a její padawan Barriss Offee. Sedmnáct měsíců po Geonosis se mistr Yoda na Thustře pokoušel přesvědčit svého přítele krále Alarica, aby se Thustra a mnoho dalších planet neodtrhávaly od Republiky. Úkol byl o to těžší, že si Yoda uvědomoval, že Alaric má o zkorumpovanosti a zkaženosti Republiky pravdu. Přesto však zůstal věrný Republice a navzdory neúspěchu mise byl zatčen zkorumpovaný thusterský senátor Navi.

Yoda se také velice zasloužil o dobré vztahy Kashyyyku s Republikou, využívaje přitom svých dobrých vztahů s Wookii z dob, kdy byl dohlížitelem Jedi na Kashyyyku. Yodova pověstná vycházková hůl pocházela právě od Wookiů a wookieeský starosta města Kachirha, Tarfful, učinil Yodu členem své „čestné rodiny“. Yoda také věděl o skrytých claatuvackých hyperprostorových trasách, tajemství, které chránili Wookiové z tzv. Claatuvackého cechu. Moudrý velmistr Jedi však wookieeské tajemství neprozradil a tím si získal jejich nehynoucí důvěru.

Asi sedm měsíců před koncem klonových válek se hrabě Dooku pokusil vlákat svého někdejšího mentora pod záminkou vyjednávání na zámek Malreaux na Vjunu. V dalším souboji s hrabětem velmistr Yoda opět získal nad Dookuem vrch, ačkoli tentokrát měl mistr Jedi a jeho průvodci opravdu namále, jelikož s Dookuem spolupracovala jeho agentka Asajj Ventress. Naštěstí jim přišla pomoc v podobě Obi-Wana Kenobiho a Anakina Skywalkera.

Po událostech na Vjunu se Rada rozhodla přibrat mezi sebe Kenobiho, jenž byl při té příležitosti povýšen na mistra Jedi. Obi-Wan potom s Yodovou pomocí prosadil povýšení Skywalkera na rytíře Jedi, zohledňuje přitom jeho nedávné zásluhy na Praesitlynu a Vjunu. Yoda potom Anakina osobně pasoval na rytíře, přičemž mu odťal jeho cop padawana.

O pět měsíců později, během separatistického útoku na Coruscant se Yoda postavil spolu s mistrem Winduem do čela planetární obrany a svými velkými schopnostmi ničil nepřátelské jednotky po desítkách. Jako první přišel na to, že útok je pouze zástěrka k zakrytí skutečného cíle – únosu kancléře Palpatina.

Po kancléřově záchraně se Yodovi se svými nočními můrami svěřil Anakin Skywalker a starý mistr pociťoval víc, než kdy jindy, hlubokou nevyrovnanost, která z mladého rytíře vyzařovala. Brzy se však s mladým Skywalkerem měl setkávat častěji, neboť intrikující Palpatine sáhl až na dno svých pravomocí a učinil Anakina svým osobním zástupcem v radě Jedi. Rada pověření povolila, protože doufala ve využití Skywalkera jako dvojitého agenta, sledujícího kancléřova jednání. Yoda velice nabádal k opatrnosti před tímto jednáním, jež se pro Jedi nehodilo a stával se také rezervovanější v otázkách Anakina – „vyvoleného“. Cítil, že celé proroctví o vyvoleném, tradované v řádu Jedi po stovky let, bylo špatně pochopeno.

Poté, co na Coruscant přiletěl jeho wookieeský přítel Tarfful se žádostí o další pomoc Republiky proti separatistům, se Yoda vydal na Kashyyyk, následován mj. 41. elitním sborem pod velením velitele Greeho. Podpořil tím již na Kashyyyku působící mistry Jedi Luminaru Unduli a Quinlana Vose a svou vzácnou schopností jediské bitevní meditace ovlivňoval bitvu ve prospěch Republiky. Jak se ukázalo, Konfederace spojená s trandoshanskými otrokáři se dověděla o tajných claatuvackých hyperprostorových trasách a rozhodla se je získat za každou cenu. Na lesnatém světě potom generál Yoda čelil událostem, spojeným s novým nástupem Sithů, odehrávajícím se na dalekém Coruscantu.

Po mnoha letech pletichaření se Temný pán Darth Sidious vynořil a uvedl do pohybu svůj plán na eliminaci Jedi. Sidious, záhadný sithský pán, který po léta unikal odhalení Jedi, byl ve skutečnosti nejvyšším kancléřem Palpatinem. Ve své funkci Palpatine hromadil ve svých rukou stále větší moc a tajně stál za událostmi, které si vyžádaly smrt mnoha Jedi, jako byly například klonové války. V době, kdy byla většina Jedi roztroušena po galaxii, Palpatine vydal rozkaz 66. Tímto nařízením byli Jedi pro klonované vojáky označeni za nepřátele Republiky a byl vydán povel k jejich okamžité likvidaci. Klony, loajální Republice rozkaz k útoku na své jediské velitele splnili a mnoho Jedi v útoku skutečně zahynulo.

Yoda tuto ztrátu mnoha životů prostřednictvím Síly ucítil a intenzita toho prožitku ho srazila na kolena. Nicméně se vzpamatoval včas, aby čelil bezprostřednímu ohrožení, které představovali ještě před chvílí věrný velitel Gree a další voják pod Greeho velením. Než mohli vojáci stisknout spouště svých blasterových pušek, Yoda se prudce vymrštil a v saltu nazad sťal Greeho i jeho společníka svým světelným mečem. Protože cítil, že je Luminara Unduli mrtvá a Quinlan Vos leží v bezvědomí neznámo kde, rozhodl se Yoda ze zákeřné léčky uniknout na vlastní pěst. To se mu podařilo za pomoci svých wookieeských přátel Tarffula a Chewbaccy, kteří malému velmistru Jedi umožnili opustit Kashyyyk v jednom z nouzových únikových modulů. Ve vesmíru ho posléze zachránil alderaanský senátor Bail Organa ve své lodi Tantive IV.

Potom, co se k nim přidal mistr Obi-Wan Kenobi, jenž jen zázrakem přežil na Utapau, probírali společně okolnosti Palpatinova až hrůzně efektivního lovu na Jedi a jejich spojence. Kódovaný signál z dobytého chrámu Jedi svolával jediské přeživší zpět na Coruscant a lákal je tak do pasti. Kenobi a Yoda se rozhodli překazit tomuto smrtonosnému majáku nalákání dalších nic netušících Jedi stůj co stůj.

Na Coruscantu infiltrovali chrám Jedi, přičemž připravili o život velké množství elitních vojáků z 501. legie, která chrám dobyla. Zde také objevili šokující materiály o tom, co se v hlavním městě událo za jejich nepřítomnosti. Kancléř Palpatine byl nyní císařem v Galaktické impérium se přeměnivší Republice a kdysi pýcha řádu Jedi – Anakin Skywalker – byl jeho sithským učněm, Darthem Vaderem. Protože si Yoda a Obi-Wan Kenobi mysleli, že jsou jedinými přeživšími rozkazu 66, uvědomovali si, že je právě na nich, aby zastavili Sithy. Potom, co Kenobiho poslal za jeho bývalým padawanem Skywalkerem, se Yoda chystal „navštívit“ novopečeného císaře Palpatina.

S císařem se poté utkal v obrovských prostorách budovy Galaktického senátu v působivém souboji dvou nejmocnějších uživatelů světlé a temné strany Síly. Císař Palpatine/Darth Sidious se však ukázal být příliš mocným, než aby ho bylo možno porazit v přímém souboji. Ačkoli byly jejich síly víceméně vyrovnané, Yoda se po pádu z obrovské výšky na dno senátní auly rozhodl ustoupit z boje a odejít do vyhnanství, kde by vyčkával novou příležitost. Ze senátní budovy byl zachráněn Bailem Organou, který na místě čekal s únikovým spídrem.

Oběma Jedi se tedy Sithy zastavit nepodařilo, třebaže Obi-Wan smrtelně poranil Vadera na žhavém Mustafaru. Nová naděje však vzešla z narozených, v Síle mocných dvojčat Skywalkerovy ženy, senátorky Padmé Amidaly, jež před svou smrtí zoufalstvím děti porodila ve vzdáleném útočišti na Polis Masse. Svědci této události - Yoda, Bail Organa a Obi-Wan Kenobi – se ihned počali radit o možném postupu. Protože věděli, že děti budou jednou pro císaře znamenat hrozbu, rozhodli se držet jejich existenci v tajnosti. Dvojčata raději rozdělili, aby byla vychovávána každé jinde. Chlapec Luke byl předán Larsovým na Tatooine a holčičku Leiu si na vychování vzali Bail Organa a jeho žena Breha, královna Alderaanu, vydávajíce malou dcerku za vlastní.

Na Polis Masse se však kromě porodu podařilo ještě něco jiného. Yodovi se konečně podařilo navázat dostatečný kontakt s duchem Qui-Gona Jinna, byť jen zvukový. Třináct let mrtvému mistru Jedi se podařilo ovládnout podivnou, ale přesto mocnou techniku, jež umožňovala dočasné uchování mysli a osobnosti po smrti. Tato technika byla vynalezena před dávnými časy mimo řád Jedi whillským šamanem a vyžadovala velice silné napojení na živoucí Sílu, což bylo pojetí, které před Sílu jednotící kladlo jen málo Jedi včetně mistra Jinna. Velmistr Yoda tak na sebe vzal úlohu, kterou neznal už mnoho století – úlohu učedníka. Naučil také Obi-Wana Kenobiho, jak komunikovat s jeho bývalým mistrem, aby ho ten v jeho samotě na Tatooine učil totéž, co Yodu.

Yoda se poté vydal zabránit skupince temných Jedi z Bpfasshe v úniku ze sluiského sektoru, kde společně v šíleném a krvavém útoku zabili jak značnou část republikových/imperiálních sil, tak i spoustu nevinných obyvatel. Jednalo se o tzv. druhé bpfasshské povstání temných Jedi (první bylo potlačeno o dvacet let dříve legendárním mistrem Jedi Jorusem C'baothem). Ze skupiny bpfasshských Jedi, snažících se pomocí agresivních metod temné strany pomstít celé galaxii za jediské čistky, zůstal naživu jen její vůdce, který se na palubě lodi, která patřila pašerákovi Jorji Car'dasovi, vydal ukrýt na opuštěnou planetu sluiského sektoru, jménem Dagobah. Mistr Yoda se v tamních močálech se šíleným temným Jedi utkal a po jeho smrti uzdravil deprimovaného pašeráka Car'dase, přičemž mu zřejmě vdechl něco ze své moci, věře, že ji pašerák užije k dobrému.

Po Car'dasově odletu budovat nejmocnější pašeráckou organizaci všech dob se Yoda rozhodl na bažinaté Dagobah zůstat. Všiml si totiž, že temnou energii, jež se uvolnila z těla mrtvého bpfasshského Jedi, absorboval blízký strom u jeskyně a vytvořil tak místo s aurou temné strany Síly. Moudrý mistr Jedi se poté usadil v blízkosti tohoto místa s vědomím, že zamaskuje jeho vlastní silné záchvěvy světlé strany Síly před císařem a jeho inkvizitory.

V dalších letech se Yoda od neživé formy Qui-Gona Jinna učil poznávat dříve opomíjenou živoucí Sílu i techniku whillského šamana, kterou mnohem později před bitvou u Yavinu naučil i svého bývalého žáka Qua Rahna, jenž Yodu vyhledal s žádostí o radu, jak naložit se znalostí existence legendárního skrytého pohřebiště, známého jako Údolí Jedi (Yoda také Rahnovi předal svůj světelný meč, aby mu na úniku před imperiálními inkvizitory sloužil lépe, než jeho bývalému mistrovi v dagobažském vyhnanství).

Nedlouho předtím se na Dagobah vrátil vůdce nejmocnější pašerácké organizace, Jorj Car'das, který Yodova daru využíval k získávání moci až ho nakonec zradilo zdraví. Od Yody si chtěl násilím vynutit obnovení svých sil. Yoda ho však přesvědčil o zbytečnosti a hlouposti jeho počínání a odmítl mu pomoci s tím, že musí sbírat síly na nejdůležitější výcvik, který kdy povede. Zoufalému a zahanbenému Car'dasovi pouze poradil, aby vyhledal mnichy Aing-Tii z Katholského riftu, kteří mu možná pomohou. (Car'das poté zmizel z galaktické scény a nad jeho organizací převzal kontrolu Talon Karrde.)

Po bitvě u Yavinu se setkal s několika návštěvníky z jiných světů. Jedním z nich byl historik Povstalecké aliance major Arhul Hextrophon, který Yodu hledal poté, co se o něm dozvěděl v materiálech Charmathské univerzity. Po příletu na Dagobah se se svým idolem opravdu shledal. Yoda mu sice původně zamýšlel vymazat z mysli veškeré vědomosti o svojí existenci, ale nakonec se mu historika zželelo. Nechal Hextrophona jít pod přísahou, že ho nikdy neprozradí. Později na Dagobah přistálo průzkumnické trio Mammon Hoole a jeho dva malí chráněnci Zak a Tash Arrandovi, pronásledované Bobou Fettem. V dagobažských močálech narazili nejen na mistra Yodu, ale i na skupinku kanibalských trosečníků z průzkumnické lodi, která na Dagobah ztroskotala před 37 lety. Yoda Arrandovým pomohl a řekl jim, že v sobě mají jediský potenciál. (Hoole a Arrandovi si uvědomili, že nemohou Impériu unikat věčně a vstoupili do řad Povstalecké aliance.)

Yoda potom přibližně tři roky sbíral síly, snaže se přemoci již pokročilé stáří a vyčkával příchod nové naděje, která by ukončila hrozbu temné strany. Ta přišla těsně po bitvě na Hothu, kdy mladý povstalecký velitel Luke Skywalker, veden duchem Obi-Wana Kenobiho, přistál na Dagobah v naději, že objeví „Obi-Wanova učitele“, mistra Yodu. Po ztroskotání se svým X-wingem v dagobažském močálu Luke Skywalker Yodu skutečně objevil, v té chvíli si to však neuvědomil, neboť Yoda se vydával za starého, potrhlého pomatence, což byla maska, kterou používal pro svou ochranu (nicméně se mu v ní léty samoty začalo nebezpečně líbit). Potom, co se mu Yoda ve své chatrči představil, poznal Luke, že ve zkoušce trpělivosti, kterou mu starý mistr přichystal, propadl.

Yoda Skywalkera po počátečním váhání začal cvičit na Jedi. Během výcviku mu připravoval ty nejtěžší zkoušky, které mohl, neboť ho chtěl připravit na konfrontaci s císařem a Darthem Vaderem, jehož totožnost Lukova otce mladému Skywalkerovi spolu s Obi-Wanem zatajili. Měli strach, aby zjištění nepřivedlo Luka na temnou stranu. Skywalkerův výcvik byl o to těžší, že Luke byl ve svých 23 letech nejstarším učedníkem, co jen Yoda pamatoval. Musel se nyní složitě odnaučovat vše, co měl naučeno o hmotě a vlivu mysli. Když měl Luke vyzvednout z močálu svoji stíhačku, pokládal to za nemožné jen kvůli její velikosti. To mu Yoda vytýkal a snažil se mu předat co nejvíc svých vědomostí, protože jejich čas se krátil.

Potom, co Yoda Luka naučil „vidět“ různé události z minulosti, přítomnosti i možnou budoucnost, mladý Skywalker z Dagobah odletěl, aby se pokusil pomoci svým přátelům v Oblačném Městě. Ačkoli sliboval, že se vrátí a dokončí svůj výcvik, Yoda se obával, že je naděje na porážku císaře a Vadera tatam. Poslední nadějí by byla už jen Lukova sestra Leia Organa, která však nemohla být Yodou ani duchem Obi-Wana snadno zkontaktována.

Když se přibližně o rok později Luke, změněný děsivým zjištěním o Vaderově pravé totožnosti, vrátil zpátky na Dagobah, aby dokončil svůj výcvik, Yoda byl již neschopen dále odolávat svému stáří a nemocem. Poslední půlrok se Yoda držel naživu opravdu jen s největším vypětím a po Skywalkerově příletu ulehl na lůžko s vědomím, že už nevstane. Řekl Lukovi, že jeho výcvik je u konce, ale čeká ho ještě poslední zkouška – konfrontace s Darthem Vaderem. Předtím než splynul se Silou, se Yoda ještě pokusil Lukovi říct o existenci dalšího Skywalkera, který by jednou pomohl s budováním nového řádu Jedi. Potom velmistr řádu Jedi zesnul a jeho tělo se vypařilo do světla Síly.

Luke Skywalker se poté dozvěděl o totožnosti své sestry a posléze zachránil svého otce (i celou galaxii) ze spárů císařova zla. Při oslavách po bitvě u Endoru pak Luke spatřil nehmotný přízrak Yody spolu s duchy Obi-Wana Kenobiho a svého otce Anakina Skywalkera, jenž zemřel odevzdaný světlé straně Síly.

Původ
Domovský svět:	--
První výskyt:	Epizoda V
Další výskyt:	E I, E II, E III, EU

Další informace
výška:	0,66 m	zbraň:	světelný meč
oči:	zelené - 2	dopravní prosředek:	republiková výsadková loď, kybuck
vlasy / srst:	hnědé, ev. bílé	další vybavení:	--